Kalajoen ja Lestijoen vesistöalueiden kuormittajien kuormitus- ja vesistötarkkailut toteutetaan yhteistarkkailuna ja noudatetaan laadittuja tarkkailuohjelmia. Puhdistamoiden tarkkailu koostuu käyttö-, kuormitus- ja vaikutustarkkailusta. Käyttötarkkailu on puhdistamolla tehtävää päivittäistä prosessin seurantaa. Kuormitustarkkailun tavoitteena on selvittää vesistöön johdettava kuormitus ja lupaehtojen toteutuminen.
Puhdistettua jätevettä tarkkailee käyttö- ja päästötarkkailun osalta KVVY Tutkimus Oy ja Lestijoen kalataloustarkkailun osalta Eurofins Ahma Oy.